В 1979 году Бабенко В.В. окончил биолого-почвенный Ростовского государственного университета. Во время учебы в университете В.В. Бабенко специализировался на кафедре физиологии человека и животных, научное руководство осуществлял канд. биол. наук, Компанеец Е.Б.
В 1981 г. В.В. Бабенко поступил в аспирантуру НИИ нейрокибернетики РГУ. Диссертационное исследование выполнялось под руководством проф. А.Б. Когана. В 1984 году В.В. Бабенко защитил кандидатскую диссертацию по теме «Динамика активности зрительной коры в условиях звуковой стимуляции по показателям вызванных потенциалов» по специальности 03.00.13 - «Физиология человека и животных».
В 2001 году В.В. Бабенко защитил докторскую диссертацию в диссертационном совете Д 212.208.07 по биологическим наукам в Ростовском госуниверситете на тему «Механизмы зрительной сегментации» по специальности 03.00.13 – физиология (биологические науки) (научный консультант – д.б.н., профессор Кураев Г.А.).
В.В. Бабенко - член научных сообществ: Российского психологического общества (РПО), Российского общества физиологов им. И.П. Павлова, Международного общества психофизиологов (International organization of psychophysiology).2004 - награжден медалью Лауреат ВВЦ.
В 1987-88 г.г. проходил годичную стажировку в Институте физиологии АН Чехословакии (г. Прага).
С 2002 по 2005 г.г. В.В. Бабенко - заместитель директора по научной работе УНИИ валеологии РГУ.
С 2005 года и по настоящее время В.В. Бабенко - профессор кафедры психофизиологии и клинической психологии АПП ЮФУ.
В.В. Бабенко является членом программного комитета ряда всероссийских и международных конференций, регулярно выступает с докладами на английском языке на пленарных и секционных заседаниях зарубежных конференций и форумов.
В.В. Бабенко является членом редакционных коллегий Российского психологического журнала (Web of science, ВАК, РИНЦ) и Северо-Кавказского психологического вестника (РИНЦ).
В.В. Бабенко – эксперт Российского научного фонда.
В.В. Бабенко является членом Диссертационного совета Д 212.208.04 при Южном федеральном университете.
Опыт руководства научными проектами:
РГНФ: проект 12-06-00169а "Динамика корковой активности, вызываемой зрительными стимулами второго порядка", 2012 - 2013
Минобрнауки РФ: госзадание, проект 2141 "Межполушарные взаимодействия у человека при
реализации мозговых когнитивных технологий" 2014-2016
Минобрнауки РФ: госзадание, проект 1741 "Межполушарные психофизиологические механизмы формирования образов категориальной системы знаний (когнитивной модели мира)" 2014-2016
РФФИ: проект 17-06-50141-ОГН «Роль пространственных модуляций локальных зрительных признаков в решении различных зрительных задач (обнаружение, различение, опознание)» 2017-2019.
Под руководством В.В. Бабенко защищены 3 кандидатские диссертации по специальности 19.00.02 - Психофизиология (Психологические науки).
Общее количество публикаций В.В. Бабенко - 191.
Индекс Хирша Web of Science 3, Scopus 1.